Le monastère cistercien de Thibirine existe depuis 1938, mais avec l’indépendance de l’Algérie, il se vide peu à peu de ses moines. Pourtant, d’autres choisissent de s’y installer. Le documentaire débute par un portrait succinct de chacun des sept moines assassinés. Une visite du monastère d’Aiguebelle (sud de la france) nous permet de comprendre le fonctionnement d’un monastère cistercien et par la même occasion de mieux appréhender la place et le rôle du monastère de Tibhirine auprès de la population locale algérienne. En effet, les frères du monastères sont complètement intégrés parmi les locaux qu’ils aident fréquemment en partageant les ressources de leur terre ou en discutant dans le cadre de réunions théologiques entre musulmans et chrétiens.
Cependant le contexte politique de l’Algérie n’est pas à l’image de cette bonne entente. Les élections de 1990 installent solidement le Front Islamique du Salut (F.I.S.) dans le paysage politique qui propose le “Jihad” (Guerre sainte). Cependant, à la suite des élections de 1991, le F.I.S est interdit. Ses partisans se réfugient alors dans le maquis. L’Algérie rentre dans une période noire où le G.I.A et l’Armée Islamique du Salut s’attaquent violemment aux forces de l’ordre ainsi qu’aux civils.
En 1993, tous les étrangers présents sur le territoires sont officiellement menacés de mort par le G.I.A. La même année, une première menace est adressée aux moines de Tibhirine lors d’un échange entre le frère Christian de CHERGE et Sayah ATTIA, membre du G.I.A. A l’issue d’un vote, les moines décident de rester. Refusant la responsabilité de la mort probable des moines, le gouvernement algérien adresse alors une lettre au Vatican dans le but de fermer le monastère. La demande est éconduite. Les moines refusent par ailleurs toute forme de protection militaire autour du monastère souhaitant ainsi conserver la relation privilégiée qu’ils ont tissé avec la population locale.
En 1994, l’arrivée du nouveau chef du G.I.A, Djamel ZITOUNI est déterminante. Il décide d’exporter la guerre sainte à l’étranger. Le détournement de l’avion d’Air France sur l’aéroport de Marseille en est alors le triste constat. Dans ce contexte de violence, les frères de la communauté de San Egidio décident d’organiser à Rome un colloque réunissant toutes les parties Algériennes afin de trouver une solution pour la paix. Ce colloque est un échec. Quelques mois plus tard, le France est à nouveau touchée par une série d’attentats meurtriers.
Bien que les visites des maquisards du G.I.A se fassent de plus en plus nombreuses, les moines maintiennent leur décision de rester. Dans la nuit du 26 mars 1996, les frères Christian, Luc, Bruno, Paul, Michel, Célestin et Christophe sont kidnappés par un commando de maquisards islamistes. Seuls les frères Jean-Pierre et Amédé échappent au G.I.A. En réaction, le quai d’Orsay ouvre une cellule de crise réunissant la DST et la DGSE (sécurité intérieure et extérieure), cependant aucune demande n’émane des preneurs d’otages. Un silence angoissant s’installe. Les yeux du monde entier se tournent vers l’Algérie et le pape Jean-Paul II lance un appel pour la libération des moines. A l’occasion de la publication du communiqué n°43 du G.I.A, les preneurs d’otages sortent de leur silence pour négocier la libération de leurs combattants détenus par l’Algérie. Malheureusement tout espoir de retrouver les frères en vie s’éteint le 21 Mai 1996 quand dans leur communiqué n°44, ils déclarent avoir égorgé les moines au nom de “la trahison” du Président Jacques CHIRAC. Cette déclaration sème le doute. Y a-t-il eu des négociations entre la France et les preneurs d’otages ? On retrouve les restes des moines, 7 jours plus tard à la sortie de Médéa. Les familles des victimes tiennent à s’assurer de l’identité des corps mais le contexte est bien trop risqué pour les faire venir sur place. Ainsi, le frère Armand VEILLEUX (responsable de l’ordre cistercien), procède à l’identification des victimes et apprend par la même occasion qu’il ne reste que leur tête. Pourtant, les conditions d’exécution des moines restent encore mystérieuses et les demandes récurrentes d’explications n’aboutissent sur aucune enquête judiciaire. Pour quelle raison, par lâcheté d’Etat ?
Le documentaire se termine sur une lettre de Christian de CHERGE écrite 3 ans avant sa mort et lu par son frère, dans laquelle il énonce tout l’amour qu’il porte à l’Algérie ainsi qu’à son peuple.